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Comparaison et combinaison de l'analyse des parties dures et du métabarcoding de l'ADN pour étudier la diète d'un prédateur supérieur marin en Atlantique Nord-Ouest
Théo Garnier, Xavier Bordeleau, Alymuhammad I. Irani, Royce Steeves, Geneviève J. Parent, Guillaume F. Blanchet, Mike O. Hammill & Fanie Pelletier
Les prédateurs supérieurs marins sont susceptibles d'avoir une influence majeure sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes. Caractériser leur rôle dans les réseaux trophiques est donc essentiel, en particulier pour quantifier leurs effets sur les populations et les communautés de proies. Pour ce faire, des estimés précis et robustes de leur diète sont nécessaires. Il existe de nombreuses méthodes pour étudier la diète des pinnipèdes, mais l'analyse des parties dures reste l'approche traditionnelle. Cependant, cette méthode présente certaines limites. Une méthode moléculaire qui amplifie l'ADN des proies consommées, le métabarcoding, émerge maintenant comme un outil robuste et complémentaire à la méthode traditionnelle pour surmonter certaines des limitations associées à l'analyse des parties dures. Dans ce travail, nous avons utilisé ces deux méthodes afin de les comparer et d’évaluer leur complémentarité pour estimer la diète d'un prédateur supérieur marin dans le golfe du Saint-Laurent, le phoque gris (Halichoerus grypus). Au total, 168 animaux ont été échantillonnés aux Îles-de-la-Madeleine entre 2020 et 2022. Le métabarcoding de l'ADN a révélé une plus grande richesse taxonomique que l'analyse des parties dures. La méthode moléculaire a également révélé une détection plus fréquente de certains taxons proies. L'importance relative des différents taxons proies en termes de biomasse et d'abondance de séquences était globalement similaire entre les deux méthodes au niveau populationnel mais pas à l'échelle individuelle. Notre étude suggère que ces deux méthodes peuvent être utilisées seules ou de concert pour caractériser la diète, en fonction des objectifs de recherche.
