About me
Simon Joly, *Étienne Léveillé-Bourret, Martin Lefrançois, Marc-Aurèle Vallée, Étienne Lacroix-Carignan, Chrystelle Matte-Richer, Richard Carignan
Service de séquençage à représentation réduite de génome (3RAD) au pôle de génomique en biodiversité du CSBQ
Le séquençage à haut débit offre des opportunités exceptionnelles pour étudier la génétique des organismes non modèles à des coûts abordables, facilitant grandement les études en science de la biodiversité. Cependant, la mise en place de protocoles peut s’avérer laborieuse et nécessite plusieurs appareils spécialisés. De plus, la dépendance envers des plateformes de séquençage pour la production de librairies augmente considérablement les coûts et réduit la flexibilité requise pour plusieurs études. Au sein du pôle de génomique du CSBQ du Centre sur la biodiversité de l’Université de Montréal, nous avons mis en place un protocole 3RAD peu coûteux et très flexible. Il permet de préparer rapidement et simplement des librairies de type RAD-seq pour moins de 10$ par échantillon. Le protocole permet d’inclure un index pour identifier les clones de PCR, permettant la déduplication des séquences lors de l’analyse, et fonctionne même avec de petites quantités d’ADN. Nous présentons les résultats de tests sur 5 familles de plantes et donnons des exemples d’application sur la génétique des populations et l’hybridation chez le myriophylle à épis (Myriophyllum spicatum), une plante envahissante au Québec, ainsi que pour l’estimation phylogénétique chez les aubépines (Crataegus), un groupe contenant plusieurs espèces à statut précaire au Québec. Les membres du CSBQ sont invités à nous contacter s’ils sont intéressés à bénéficier de ce service.
