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L'azote organique est-il la clé de la réponse microbienne aux miARN de plantes ?
Jessica Dozois, Katel Hallaf, Marc-Antoine Duchesne et Étienne Yergeau
Les microARN (miARN), molécules régulatrices de l'expression génétique, jouent un rôle dans la communication entre les plantes et les microbes du sol. Certains de ces miARN cibleraient des gènes bactériens reliés au cycle de l’azote tels que l’absorption des acides aminés. Pour tester si les miARN de plantes altéraient une communauté bactérienne du sol, en présence de différents acides aminés, j’ai exposé une communauté simplifiée à un mélange de cinq miARN. Pour 70% des acides aminés, les miARN ont causé un changement au niveau de la croissance de la communauté. Aussi, la présence de miARN a altéré l’abondance de certains taxons bactériens dépendamment de la source d’azote organique. J’ai confirmé que trois isolats étaient sensibles aux miARN : Acinetobacter, Chryseobacterium et Raoultella. Après l'inoculation des semences d'Arabidopsis avec ces bactéries, seule Raoultella a tué les plantes. Raoultella réagissait également le plus négativement aux miARN. Reste à savoir si ces tendances se manifestent dans d'autres contextes écologiques. J'ai postulé que des taxons sensibles aux miARNs seraient identifiables en examinant les variations d'abondance de certaines bactéries à travers plusieurs communautés. Pour mieux caractériser l'impact des miARN sur les communautés bactériennes du sol, j’ai extrait des communautés microbiennes de 24 sols (19 agricoles et 5 forestiers), situés entre Rouyn-Noranda et Trois-Pistoles et je les ai exposées aux miARN. Parmi les 24 communautés, quatre genres de bactéries ont réagi de manière similaire aux miARN: deux répondaient favorablement (Citrobacter et Raoultella) et deux répondaient négativement (Aeromonas et Cupriavidus). La confirmation de la sensibilité de ces taxons sera précieuse pour comprendre les interactions entre les plantes et les bactéries via les miARN, avec la possibilité de les manipuler pour limiter l’utilisation microbienne de l’azote organique ou améliorer la composition microbienne.
